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    • 5月29日下午,由法国两院院士韩忠朝、法国国家医学科学院院士乔治•乌赞等领衔的法国院士团一行到中国科学院合肥肿瘤医院交流访问,安徽省外办、合肥蜀山区相关领导等陪同调研。

      法国院士团一行人员包括:法国两院院士、国家干细胞工程技术研究中心主任、细胞产品国家工程研究中心主任、汉氏联合集团董事长兼首席科学家韩忠朝;法国国家医学科学院院士、法国医学科学院 972研究所所长、研究员、血管干细胞专家乔治•乌赞;法国洛林大学医学院教授思琳•吉甘、洛意•雷佩尔;法国斯特拉斯堡大学副教授华国强;法国斯特拉斯堡医学院教授纳迪亚•本基拉尼普•杰塞尔;法国汉氏药业总经理帕特里克•雅克•思琦斑;法国国家医学科学院院士高级工程师助理纳塞里安;希诺神州集团总经理韩之海;希诺神州集团首席技术官王家伦、雷蒙•阿斯特里等。

      中科院合肥物质院健康所党委书记、中国科学院合肥肿瘤医院院长王宏志等向法国院士专家一行介绍了健康所及肿瘤医院的基本情况、医研融合特色、代表性科研成果及未来发展方向。王文超研究员、韩伟研究员、聂金福研究员、洪波研究员、杨立状副研究员等分别与法国院士专家们就相关学科领域研究进展进行了沟通交流。

      法国院士团一行还实地参观了中科院合肥肿瘤医院肿瘤转化医学研究中心、医学病理中心、临床医疗诊区、医疗技术展厅等。

      情况汇报

      院区参观

      参观中心实验室

      参观医疗诊区

      参观新飞龙复合手术室

      参观医疗技术展厅

      合影

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    • 近日,中科院合肥物质院健康所基因组学团队张帆研究员,研发了名为CRISPRimmunity的分析服务平台,它是一个识别CRISPR相关重要分子事件及用于基因编辑的调节器的交互式网络服务器。该研究成果以CRISPRimmunity: an interactive web server for CRISPR-associated Important Molecular events and Modulators Used in geNome edIting Tool identifYing”为题,发表在国际著名期刊Nucleic Acids ResearchIF=19.2)上。

      CRISPRimmunity是一个全新的、用户界面友好的网络服务器,旨在提供面向CRISPR的一站式综合分析服务平台,全面注释CRISPR-Cas系统与Anit-CRISPR系统共进化过程中关键分子事件,准确预测Anti-CRISPR蛋白,从头识别新型IICRISPR-Cas基因座,基于CRISPR阵列信息预测细菌与可移动元件(噬菌体、质粒)之间的相互作用,从更加综合地进化视角理解CRISPR-Cas系统和anti-CRISPR系统

       

      CRISPRimmunity预测分析框架

      CRISPR-Cas系统是自然界中原核生物长期演化过程中所形成适应性免疫系统,该系统通过RNA介导的DNA降解抵御外源基因入侵,能够实现高度灵活的特异性靶向,成为现有基因编辑和基因修饰中效率最高、最简便、成本最低的技术之一。新型CRISPR-Cas相关蛋白及Anti-CRISPR蛋白的发现,将进一步加深我们对CRISPR-Cas系统在原核生物中的作用理解,扩展在其他细胞和生物体中进行基因组编辑应用的工具盒。但目前可用的CRISPR-Cas相关数据资源仅仅关注CRISPR-Cas系统或anti-CRISPR统中的特定领域,忽视两者之间的共同进化关系,因此提供的信息与服务有限,并且缺乏识别新型IICRISPR-Cas系统的可用方法。

      因此,课题组研发了面向CRISPR-Cas系统与Anti-CRISPR系统的综合分析预测平台——CRISPRimmunity。该平台构建了一系列面向CRISPR相关信息的自定义数据库,注释已知的Anti-CRISPR蛋白和Anti-CRISPR相关蛋白、IICRISPR-Cas系统、CRISPR阵列类型、HTH结构域和可移动遗传元件,以剖析CRISPR-Cas系统与anti-CRISPR系统共进化中关键分子事件;综合了同源分析、关联分析及原噬菌体区域中自靶向事件等多种策略预测Anti-CRISPR蛋白以提高预测的准确性,在99个经实验验证的Acrs676个非Acrs的数据上对CRISPRimmunity进行测试,Anti-CRISPR蛋白预测准确率达到0.997;首次提供了IICRISPR-Cas基因座的从头预测算法,鉴定了4个具有不同PAM结构域的Cas91个更小的Cpf161个C2c103个未分类的全新的VCas蛋白,其中一部分CRISPR-Cas基因座已经在体外经实验验证了活性。

       

      预测的Cj2Cas9所识别的PAM序列的高通量测序分析

      CRISPRimmunity网络服务器精心设计了图形用户界面,提供多种可视化、自定义设置选项和可导出机器可读格式的详细结果,详细的教程以便不同需求的用户使用;同时提供了在NCBI数据库中18,408株完全测序的细菌及235株含Acr的细菌及208,209株人类肠道微生物中预注释的CRISPR相关重要分子事件的浏览及下载,为未来的实验设计和进一步的数据分析提供参考。此外,CRISPRimmunity提供了本地化版本为计算生物学家批量数据挖掘提供便利。

       

      CRISPRimmunity结果可视化

      该研究工作受到国家自然科学基金委、黑龙江省头雁团队原创探索基金、腾讯科学基金、新基石研究员基金和哈工大青年科学家工作室等基金的资助。

      文章链接: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkad425/7175359

      CRISPRimmunity平台链接:http://www.microbiome-bigdata.com/CRISPRimmunity/index/

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